Обеспечение биологической безопасности осуществляется на основе следующих принципов:
1) охрана здоровья граждан и окружающей среды от воздействия опасных биологических факторов;
2) сочетание интересов и ответственности личности, общества и государства в области обеспечения биологической безопасности;
3) соответствие мер государственного регулирования в области обеспечения биологической безопасности существующим биологическим угрозам (опасностям), а также системный подход при реализации мероприятий, направленных на обеспечение биологической безопасности;
4) повышение осведомленности населения в вопросах обеспечения биологической безопасности;
5) охрана, воспроизводство и рациональное использование природных ресурсов как необходимые условия обеспечения биологической безопасности;
6) презумпция биологической опасности планируемой хозяйственной и иной деятельности на потенциально опасных биологических объектах;
7) своевременное реагирование на возникающие биологические угрозы (опасности), включая создание производственных мощностей и резервов, в том числе государственного материального резерва продукции (товаров), необходимых для обеспечения безопасности населения.