Совместное подразделение состоит из командования, штаба и национальных инженерных подразделений.
Командир Совместного подразделения назначается решением Совета министров обороны государств - участников Содружества Независимых Государств по представлению Координационного комитета.
Заместителями командира Совместного подразделения являются командиры национальных инженерных подразделений, назначенные на должности в соответствии с законодательством каждой из Сторон.
Командир Совместного подразделения организует непосредственную подготовку и применение Совместного подразделения в соответствии с настоящим Соглашением, законодательством Стороны, на территории которой выполняются задачи гуманитарного разминирования, и документами, принятыми в рамках Содружества Независимых Государств.
На командира национального инженерного подразделения возлагается руководство подчиненным подразделением. Он отвечает за готовность национального инженерного подразделения к выполнению задач гуманитарного разминирования и подчиняется командиру Совместного подразделения в ходе проведения совместных мероприятий, в период непосредственной подготовки и выполнения задач гуманитарного разминирования.
По итогам выполнения задач гуманитарного разминирования командир Совместного подразделения в установленном порядке докладывает Совету министров обороны государств - участников Содружества Независимых Государств, который затем информирует Совет глав государств Содружества Независимых Государств.
