Комиссия в пределах своих полномочий принимает решения, обязательные для выполнения Сторонами.
Комиссия может принимать рекомендации, не носящие обязательного характера.
Голоса между Сторонами в Комиссии распределяются следующим образом:
Республика Белоруссия - 21,5 голоса;
Республика Казахстан - 21,5 голоса;
Российская Федерация - 57 голосов.
Решения Комиссии принимаются большинством в две трети голосов, а решения по вопросам, имеющим особое значение для Сторон, а также если это предусматривается международными договорами, формирующими договорно-правовую базу таможенного союза, принимаются консенсусом.
Любая Сторона имеет право внести в высший орган таможенного союза предложение о пересмотре решения Комиссии.
Если при принятии решения не было набрано необходимое количество голосов, Комиссия вправе передать вопрос на рассмотрение высшего органа таможенного союза.