Антинаркотический центр в рамках своей деятельности взаимодействует с другими постоянно действующими органами ШОС.
Взаимодействие Антинаркотического центра с Секретариатом ШОС регламентируется Положением об Исполнительном комитете Антинаркотического центра Шанхайской организации сотрудничества (далее - Положение), которое утверждается Советом глав государств - членов ШОС.
Взаимодействие Антинаркотического центра с Универсальным центром по противодействию вызовам и угрозам безопасности государств - членов ШОС регулируется отдельным соглашением между Сторонами.