Расходы на обеспечение деятельности Координационной службы на территории Российской Федерации осуществляются за счет долевых взносов государств - участников Содружества Независимых Государств единого бюджета органов Содружества Независимых Государств.
На финансирование деятельности Координационной службы могут привлекаться внебюджетные средства (безвозмездные целевые поступления), порядок формирования и использования которых определяется в соответствии с Положением о формировании и использовании внебюджетных средств органов Содружества Независимых Государств, финансируемых из единого бюджета органов СНГ, утвержденным Решением Совета глав правительств Содружества Независимых Государств от 3 июня 2005 г.
