1. Высшим органом управления Центром является Совет.
2. В состав Совета от каждой Стороны входят по одному представителю и одному его заместителю.
3. Совет осуществляет свою деятельность на общественных началах посредством проведения заседаний, которые проводятся один раз в полугодие.
По инициативе (требованию) любого представителя Совета либо директора Центра может быть созвано внеочередное заседание Совета.
4. Заседания Совета проводятся на территории государств - членов Центра поочередно.
5. Избранный на очередном заседании председатель Совета сохраняет свои функции до следующего заседания Совета.
6. Повестка дня очередного заседания Совета формируется принимающей Стороной по согласованию с другими Сторонами, а также с дирекцией Центра.
Право вносить вопросы на рассмотрение Совета принадлежит полномочным представителям Сторон в Совете и их заместителям, директору Центра, председателю ревизионной комиссии и председателю научно-координационного совета.
7. Совет имеет право проводить заседания по вопросам, относящимся к его компетенции, в расширенном составе с участием директора Центра, председателя ревизионной комиссии, председателя научно-координационного совета и привлекаемых по усмотрению Совета экспертов.
8. Каждая Сторона имеет в Совете один голос. Решения Совета принимаются на основе консенсуса путем открытого голосования, а также с помощью обмена письмами.
В случае невозможности принятия на заседании Совета окончательного решения из-за недостаточной подготовленности вопроса или по другим причинам, требующим дополнительного времени или согласований, решение может быть принято с помощью обмена письмами, содержащими позицию Сторон, за подписью соответствующих полномочных представителей или их заместителей.
9. Решения Совета по вопросам деятельности Центра имеют обязательный характер для всех участвующих в его деятельности научно-исследовательских организаций государств - членов Центра.
10. Совет принимает решения по всем вопросам деятельности Центра, за исключением вопросов, относящихся к компетенции Сторон.
11. К компетенции Совета, в частности, относится:
формулирование предложений о необходимости внесения изменений в настоящий устав и представление предложений Сторонам;
рассмотрение заявлений о приеме новых государств - членов Центра и проработка вопросов, связанных с подготовкой международных договоров об их присоединении к Центру в соответствии со статьей 15 Соглашения;
представление Сторонам предложений по реорганизации Центра;
установление регламента работы Совета;
согласование структуры Центра и изменений в ней, в том числе согласование решений о создании обособленных структурных подразделений;
утверждение научной программы Центра и определение основных направлений его развития, а также перечня организаций, участвующих в ее исполнении;
утверждение структуры дирекции Центра и ее штатного расписания, а также штатного расписания Центра;
утверждение положения о дирекции Центра;
назначение директора Центра и его заместителя;
утверждение положений о филиалах, представительствах и полигонах Центра;
утверждение должностных обязанностей работников Центра и правил внутреннего распорядка Центра;
заслушивание и утверждение отчета директора о работе Центра за истекший год;
утверждение бюджета Центра, включающего бюджеты его филиалов, представительств и полигонов;
ежегодное представление в ответственные за реализацию Соглашения полномочные органы Сторон предложений по финансовому обеспечению деятельности дирекции Центра и содержанию его имущества за счет средств федерального бюджета (Российская Федерация) и государственного бюджета Республики Таджикистан, а также средств бюджетов других государств - членов Центра, присоединившихся к Соглашению в соответствии со статьей 15 Соглашения;
создание научно-координационного совета и утверждение регламента его работы;
создание совместной ревизионной комиссии и утверждение положения о ее деятельности.
12. Совет также осуществляет иные полномочия, предусмотренные настоящим уставом.