Функции секретариата Объединенной коллегии возлагаются на Федеральную таможенную службу (Российская Федерация).
Финансирование расходов Федеральной таможенной службы по выполнению функций секретариата Объединенной коллегии осуществляется за счет бюджетных средств Российской Федерации, выделяемых на финансирование Федеральной таможенной службы.
Секретариат Объединенной коллегии осуществляет организацию и информационно-техническое обеспечение деятельности Объединенной коллегии. Перечень иных функций, выполняемых секретариатом, определяется положением о секретариате Объединенной коллегии, утверждаемым председателем.
Расходы по командированию членов Объединенной коллегии или их уполномоченных представителей для участия в заседаниях Объединенной коллегии несет направляющая Сторона.
