В компетенцию Комиссии входят:
координация деятельности и рассмотрение результатов работы по выполнению настоящего Соглашения;
организация разработки, согласование межгосударственных программ и проектов использования, восстановления и охраны трансграничных водных объектов, включая меры по привлечению финансовых ресурсов, необходимых для осуществления планируемых мероприятий;
организация осуществления мониторинга состояния трансграничных водных объектов по согласованным программам и методикам;
организация разработки согласованных показателей и критериев качества воды, учета точечных и диффузных источников загрязнения и контроля за ними, а также подготовки предложений о мерах по поддержанию или улучшению качества воды, включая планы по снижению антропогенной нагрузки;
разработка предложений по совершенствованию нормативных правовых актов государств Сторон, касающихся охраны и использования трансграничных водных объектов;
организация обмена текущей, в том числе оперативной, информацией о состоянии трансграничных водных объектов с использованием совместимых информационных систем;
определение порядка совместных действий в случае паводков и других негативных трансграничных воздействий;
информирование общественности о состоянии трансграничных водных объектов;
содействие в урегулировании спорных вопросов, связанных с использованием и охраной трансграничных водных объектов;
сотрудничество с другими комиссиями, международными организациями и организациями государств Сторон в решении вопросов рационального использования и охраны трансграничных водных объектов, включая привлечение этих организаций для оказания услуг, связанных с достижением целей настоящего Соглашения;
иные вопросы, касающиеся охраны и рационального использования трансграничных водных объектов.