Ректор Университета избирается в порядке, определяемом уставом Университета с учетом законодательства государств Сторон.
После избрания ректора заключается трудовой договор между ректором, Федеральным агентством по образованию и Министерством образования и науки Киргизской Республики на срок до 5 лет.