Деятельность Университета регламентируется его уставом, утвержденным Федеральным агентством по образованию (Российская Федерация) и Министерством образования и науки Киргизской Республики.
Лицензирование и государственная аккредитация Университета осуществляются в соответствии с законодательством государств Сторон.