Финансовое обеспечение деятельности Университета осуществляется Сторонами за счет средств федерального бюджета (Российская Федерация) и государственного бюджета Киргизской Республики.
Российская Сторона предоставляет Университету субсидии в целях финансового обеспечения расходов на выплату заработной платы работникам Университета и начислений на нее в соответствии с законодательством Российской Федерации в пределах бюджетных ассигнований, предусмотренных в установленном порядке Федеральному агентству по образованию.
Киргизская Сторона предоставляет Университету целевые средства для финансового обеспечения расходов на выплату стипендий студентам, обучающимся в Университете, и материально-технического обеспечения деятельности Университета в соответствии с законодательством Киргизской Республики.
Университет представляет финансовую отчетность о расходах, источником финансового обеспечения которых являются субсидии, в порядке, установленном Федеральным агентством по образованию, и целевые средства, - в порядке, установленном Министерством образования и науки Киргизской Республики.
