Фундаментальные научные исследования на базе Центра проводятся заинтересованными научно-исследовательскими организациями государств Сторон. Их тематика определяется научной программой Центра.
Координация фундаментальных научных исследований, выполняемых по научной программе Центра, осуществляется:
с Российской Стороны - Российской академией наук,
с Таджикистанской Стороны - Академией наук Республики Таджикистан.