Российский центр науки и культуры в г. Скопье осуществляет свою деятельность под общим руководством главы дипломатического представительства Российской Федерации в Республике Македонии.
Функционирование Российского центра науки и культуры в г. Скопье обеспечивается Федеральным агентством по делам Содружества Независимых Государств, соотечественников, проживающих за рубежом, и по международному гуманитарному сотрудничеству.
Македонский культурно-информационный центр в г. Москве осуществляет свою деятельность под руководством главы дипломатическо-консульского представительства Республики Македонии в Российской Федерации.