Стороны с учетом взаимных интересов, на основе своего национального законодательства и на договорной основе осуществляют сотрудничество по пограничным вопросам в целях:
совершенствования охраны государственной границы Киргизской Республики;
взаимодействия в интересах охраны государственных границ государств - участников Содружества Независимых Государств с государствами, не входящими в Содружество;
борьбы с незаконной миграцией через государственные границы Российской Федерации и Киргизской Республики;
борьбы с контрабандой оружия, боеприпасов, взрывчатых и ядовитых веществ, радиоактивных материалов, незаконным перемещением через государственную границу Киргизской Республики наркотических средств и психотропных веществ;
оперативно - разыскной деятельности в интересах охраны государственной границы Киргизской Республики;
материально - технического обеспечения деятельности пограничных ведомств Сторон;
подготовки офицерских кадров, а также других специалистов.