Деятельность Университета регламентируется его уставом, утверждаемым в установленном порядке уполномоченными органами государств Сторон.
Высшим коллегиальным органом управления Университета является общее собрание (конференция) работников и обучающихся Университета, структура, порядок формирования и срок полномочий которого определяются уставом Университета.
Общее руководство деятельностью Университета осуществляет коллегиальный орган управления - ученый совет, структура, порядок формирования и срок полномочий которого определяются уставом Университета.