Ректор Университета избирается общим собранием (конференцией) работников и обучающихся Университета из числа кандидатов, прошедших аттестацию в уполномоченных органах государств Сторон, и утверждается совместным решением уполномоченных органов государств Сторон.
Решением ученого совета Университета может учреждаться должность президента Университета.
Университету в решении его задач оказывает содействие попечительский совет, структура, порядок формирования и срок полномочий которого определяются уставом Университета.